Carrefour romain, puis villa royale mérovingienne, “Ehenheim” est citée pour la première fois en 778, et nommée Oberehnheim en 1242 pour se distinguer de Niederehnheim (Niedernai).
On suppose que la ville était la propriété des Ducs d’Alsace puis des monastères de Hohenbourg (actuel Mont Sainte-Odile) et de Niedermunster, les deux couvents fondés par Sainte Odile et son père.
Vers 1240, Obernai s’affranchit de la tutelle monastique pour accéder au rang de ville avec l’appui des Hohenstaufen, ce qui lui permet d’ériger des fortifications, d’être dotée d’une organisation judiciaire et fiscale propre, et de tenir un marché et des foires. En 1354, Obernai et les neuf autres villes impériales d’Alsace, Wissembourg, Haguenau, Rosheim, Sélestat, Kaysersberg, Colmar, Turckheim, Munster et Mulhouse, s’associent pour fonder la Décapole.
L’organisation municipale se met en place avec deux priorités: affranchir la ville de l’autorité du prévôt (délégué de l’Empereur) et neutraliser l’influence des nombreux nobles de la cité. Le XVIème siècle marque l’âge d’or de l’essor obernois. L’artisanat et la viticulture (exportation) se révèlent prospères. La Renaissance laissera son empreinte architecturale entre autres sur l’Hôtel de Ville (1523 et 1610), la Halle aux Blés (1554), le Beffroi - Kapellturm et le Puits à Six Seaux (1579) et de nombreux édifices privés.
Alors que la Guerre de Trente Ans ravage la région, la ville est occupée et rançonnée. Suite aux traités de Westphalie de 1648, Louis XIV annexe les dix villes de la Décapole à la Couronne de France en 1679. Obernai devient ville royale et perd son autonomie. Le XVIIIe siècle sera à nouveau une période prospère.
Après la Révolution, l’histoire d’Obernai se confond avec celle de l’Alsace. Au cours du XIXe siècle, le paysage urbain connaît des transformations décisives : les portes de la ville sont détruites, les routes et le chemin de fer se développent. Obernai est annexée à l’Allemagne en 1871. Le tournant du XXe siècle, est marqué par une nouvelle période de modernisation. Epargnée par les destructions de la Seconde Guerre Mondiale, malgré les incorporations de force dont témoigne le Mémorial du Mont National, la ville connaîtra un essor économique et touristique remarquable à partir des années soixante. En vingt ans, sa population double et Obernai devient un important pôle d’emploi.
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